两优培九是一种重要的水稻品种，具有高产、优质、抗逆等优点，广泛应用于水稻生产中。为了保证种子的品质和纯度，需要对种子进行鉴定。传统的种子鉴定方法主要是通过形态学和生理学特征进行判断，但这种方法存在主观性和不确定性。随着分子生物学技术的发展，利用分子标记进行种子鉴定已成为一种可靠、快速、准确的方法。

SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记是一种基于DNA序列的分子标记，具有高度多态性和稳定性，广泛应用于植物遗传多样性分析和种子纯度鉴定。本标准采用SSR分子标记进行两优培九种子的纯度鉴定和遗传多样性分析。

1. 样品的提取
将两优培九种子样品取出适量，用研钵研磨成粉末状，取1g左右的样品加入离心管中，加入适量的提取缓冲液，混匀后放置于65℃水浴中振荡2h，离心后取上清液即可。

2. PCR扩增
选取适当的SSR引物，进行PCR扩增。PCR反应体系为：10×PCR缓冲液2.5μL、2.5mmol/L MgCl2 1μL、2.5mmol/L dNTPs混合液1μL、10μmol/L引物1μL、Taq DNA聚合酶0.25μL、模板DNA 1μL、去离子水至总体积为25μL。PCR反应条件为：94℃预变性5min，94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸1min，共35个循环，72℃延伸10min，4℃保持。PCR扩增产物进行电泳分离。

3. 电泳分离
将PCR扩增产物加入适量的负载缓冲液，混匀后加入琼脂糖，混匀后注入电泳槽中，进行电泳分离。电泳条件为：电压120V，电流30mA，电泳时间2h。电泳结束后，将凝胶取出，进行染色和成像。

4. 数据分析
根据电泳图像，进行数据分析。根据PCR扩增产物的大小和数量，判断样品的纯度和遗传多样性。

相关标准
GB/T 20481-2006 水稻种子品质检验方法
GB/T 20482-2006 水稻种子品种纯度检验方法
GB/T 20483-2006 水稻种子萌发力检验方法
GB/T 20484-2006 水稻种子杂质检验方法
GB/T 20485-2006 水稻种子水分检验方法