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棉花是我国重要的经济作物之一，其杂交种的选育和推广对于提高棉花产量和品质具有重要意义。然而，棉花杂交种的真实性和纯度检测一直是制约其推广应用的关键问题之一。为了解决这一问题，本标准制定了棉花杂交种真实性和纯度检测的SSR分子标记法技术规程。

一、适用范围
本标准适用于棉花杂交种真实性和纯度检测的SSR分子标记法。

二、术语和定义
本标准中使用的术语和定义如下：
1.棉花杂交种：指通过人工授粉或其他人工手段获得的具有优良经济性状的棉花品种。
2.SSR分子标记法：指利用简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）位点进行分子标记的方法。
3.等位基因：指在同一位点上存在的不同基因型。
4.纯度：指种子或植株中所含的目标基因型的比例。
5.真实性：指种子或植株的基因型与其所声称的亲本基因型一致的程度。

三、技术要求
1.样品要求：样品应为棉花杂交种种子或植株组织。
2.试剂和仪器要求：试剂和仪器应符合国家相关标准或行业标准。
3.反应体系要求：反应体系应包括PCR反应体系和电泳分离体系。
4.引物设计要求：引物应选择在目标基因型中具有多态性的SSR位点，引物序列应与目标基因型的序列匹配度高。
5.反应条件要求：PCR反应条件应根据引物设计和样品特性进行优化，电泳分离条件应根据PCR产物大小和电泳仪器特性进行优化。

四、方法和步骤
1.样品处理：样品应根据需要进行处理，如种子应先进行破壳处理。
2.DNA提取：从样品中提取DNA，可采用商用DNA提取试剂盒或自制试剂进行。
3.PCR扩增：根据引物设计和反应体系要求，进行PCR扩增。
4.电泳分离：将PCR产物进行电泳分离，根据PCR产物大小和电泳仪器特性进行优化。
5.结果判定：根据电泳图谱判断样品的等位基因型，计算纯度和真实性。
6.报告编制：将检测结果编制成报告，包括样品信息、检测方法和结果等内容。

五、结果判定
1.等位基因型判定：根据电泳图谱判断样品的等位基因型，应至少检测两个SSR位点。
2.纯度判定：根据等位基因型计算样品的纯度，纯度应达到规定的标准。
3.真实性判定：根据等位基因型与亲本基因型的比对，计算样品的真实性，真实性应达到规定的标准。

相关标准：
1. GB/T 17215-2002 棉花种子品质检验方法
2. GB/T 17216-2002 棉花种子纯度检验方法
3. GB/T 17217-2002 棉花种子真实性检验方法
4. GB/T 17218-2002 棉花种子萌发力检验方法
5. GB/T 17219-2002 棉花种子杂质检验方法