一、范围
本标准规定了水稻品种鉴定的SSR分子标记技术要求、方法和步骤，以及PCR扩增、电泳分析等实验操作的具体要求。该标准适用于水稻品种鉴定和遗传多样性分析。

二、术语和定义
2.1 SSR分子标记
SSR（Simple Sequence Repeat）是指由1-6个碱基组成的短序列，这些短序列在基因组中重复出现，形成了一种特殊的DNA序列结构。SSR分子标记是利用这种特殊的DNA序列结构进行分子标记的一种方法。

2.2 PCR扩增
PCR（Polymerase Chain Reaction）是一种体外扩增DNA的技术，通过引物的特异性识别，使DNA在体外进行大量复制，从而得到足够的DNA量用于后续实验操作。

2.3 电泳分析
电泳分析是一种利用电场作用下，根据DNA分子大小和电荷差异进行分离的技术。通过电泳分析可以得到DNA分子的大小和数量信息。

三、技术要求
3.1 样品要求
样品应为水稻种子或幼苗，样品来源应明确。

3.2 引物设计
引物应选择与目标基因序列高度匹配的引物，引物长度应在18-24bp之间，GC含量应在40%-60%之间。

3.3 PCR扩增
PCR扩增应在合适的温度、时间和酶浓度下进行，扩增产物应具有明显的特异性和清晰的条带。

3.4 电泳分析
电泳分析应在合适的电场强度下进行，分离出的条带应具有清晰的分离度和可重复性。

四、方法和步骤
4.1 DNA提取
将样品中的DNA提取出来，可以采用CTAB法、酚/氯仿法等方法。

4.2 引物设计
根据目标基因序列设计引物，可以采用在线设计工具或手动设计。

4.3 PCR扩增
将DNA模板、引物、酶和缓冲液混合，进行PCR扩增，扩增条件根据引物设计和实验室条件进行调整。

4.4 电泳分析
将PCR扩增产物进行电泳分析，根据条带大小和数量进行分析和判断。

五、结果判定
根据PCR扩增产物的条带大小和数量，结合已知品种的SSR分子标记图谱，进行品种鉴定和遗传多样性分析。

相关标准
GB/T 20481-2006 水稻品种鉴定技术规程
NY/T 1432-2014 水稻品种鉴定技术规程 SNP分子标记法
NY/T 1434-2014 水稻品种鉴定技术规程 EST-SSR分子标记法
NY/T 1435-2014 水稻品种鉴定技术规程 ISSR分子标记法
NY/T 1436-2014 水稻品种鉴定技术规程 RAPD分子标记法