Sanger法测序是一种经典的DNA测序技术,也被称为链终止法测序。该技术利用DNA聚合酶在合成新链时,加入一种特殊的二进制核苷酸,使得DNA合成在该位置终止。通过反复进行DNA合成和终止,可以得到一系列不同长度的DNA片段。这些片段经过电泳分离后,就可以得到DNA序列信息。
Sanger法测序技术指南主要包括以下内容:
1. 实验前准备:包括实验室环境、设备、试剂和样品的准备等方面。其中,实验室环境应保持干净、整洁、无菌,设备应定期维护和校准,试剂应符合质量标准,样品应经过质量检测和处理。
2. 样品制备:包括DNA提取、纯化、定量和质量检测等方面。其中,DNA提取和纯化应选择适当的方法,避免污染和损伤,定量应使用准确可靠的方法,质量检测应包括纯度、完整性和浓度等指标。
3. PCR扩增:包括引物设计、反应体系、PCR程序和扩增产物的纯化等方面。其中,引物设计应考虑到特异性、长度、GC含量和二聚体等因素,反应体系应优化,PCR程序应控制好温度和时间,扩增产物的纯化应避免污染和损伤。
4. 测序反应:包括反应体系、反应程序和反应产物的纯化等方面。其中,反应体系应优化,反应程序应控制好温度和时间,反应产物的纯化应避免污染和损伤。
5. 数据分析:包括测序结果的质量控制、序列拼接、序列比对和序列注释等方面。其中,测序结果的质量控制应包括测序质量、碱基质量和序列长度等指标,序列拼接应考虑到重叠区域和错配率等因素,序列比对应选择适当的软件和数据库,序列注释应包括基因识别、功能注释和通路分析等内容。
相关标准
GB/T 34268-2017 基因组测序数据质量控制指南
GB/T 34269-2017 转录组测序数据分析指南
GB/T 34270-2017 外显子测序数据分析指南
GB/T 34271-2017 生物信息学数据处理规范
GB/T 34272-2017 生物信息学数据共享规范