DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式,对基因表达、细胞分化、发育和疾病等方面都有重要影响。因此,DNA甲基化的测定方法也越来越受到关注。本标准规定了DNA甲基化的测定焦磷酸测序法的测定方法、质量控制和数据分析要求,为DNA甲基化的测定提供了标准化的方法。
1.测定方法
本标准规定了DNA甲基化的测定焦磷酸测序法的测定方法,包括样品制备、文库构建、测序、数据处理等步骤。其中,样品制备包括DNA提取、DNA质量检测、DNA消化、文库构建等步骤;文库构建包括DNA片段的选择、文库建立、PCR扩增等步骤;测序包括测序平台的选择、测序质量控制等步骤;数据处理包括数据质量控制、数据比对、甲基化位点识别等步骤。本标准要求在每个步骤中都要进行质量控制,确保测定结果的准确性和可靠性。
2.质量控制
本标准规定了DNA甲基化的测定焦磷酸测序法的质量控制要求,包括样品质量控制、文库构建质量控制、测序质量控制、数据质量控制等方面。其中,样品质量控制包括DNA质量检测、DNA消化效果检测等;文库构建质量控制包括文库建立效果检测、PCR扩增效果检测等;测序质量控制包括测序质量评估、测序深度控制等;数据质量控制包括数据质量评估、数据比对效果检测等。本标准要求在每个步骤中都要进行质量控制,确保测定结果的准确性和可靠性。
3.数据分析
本标准规定了DNA甲基化的测定焦磷酸测序法的数据分析要求,包括数据比对、甲基化位点识别、甲基化水平计算等方面。其中,数据比对要求使用参考基因组进行比对,甲基化位点识别要求使用统计学方法进行识别,甲基化水平计算要求使用合适的算法进行计算。本标准要求在数据分析过程中要进行质量控制,确保测定结果的准确性和可靠性。
相关标准
GB/T 19489-2008 DNA序列分析方法
GB/T 19490-2008 基因组DNA提取方法
GB/T 19491-2008 基因组DNA质量检测方法
GB/T 19492-2008 基因组DNA消化方法
GB/T 19493-2008 基因组DNA文库构建方法